中世紀是布拉格黃金時代, 其規模及文化輝煌遠超過同期之倫敦或巴黎. The Holy Roman Emperor 查爾斯四世選擇了布拉格為宮庭, 決意把布拉格變成歐洲最華麗之城市.  University of Central Europe 亦於此時建成, 其校長是一位著名之改革派傳教士 Jan Hus. 由於 Jan Hus 不值當時之天主教庭腐敗黑暗, 只向政治權加掛勾, 與民間疾苦脫節. 他提出異見, 要求改革, 並引來大班追隨者. 教庭地位動搖, 視他為異端宣揚. 於 1412 年 Wenceslas IV 夾於此糾紛中間, 欲請 Jan Hus 離開布拉格. 但 Jan Hus 不顧危險, 決意不走, 留於布拉格 Council of Constance 為自己之主張辯護. Wenceslas IV 王唯有把他拘捕, 於 14 15 年以異端邪說罪, 把他活活燒死. Jan Hus 死後, 被捷克尊為殉道者英雄. 也激發了激烈之 Hussites 戰役. , Hussites (  Jan Hus 之隨者 )大多是農民, 只擁有簡單之農具, 作為兵器與全付武裝之王朝正規軍隊對壘.   追戰役初期, 奪得不少勝果. 但後來 Hussites 分裂成兩派, 減弱了實力, 於 1434 年 Lipany 戰役被打敗後, 便不成氣候.   經歷了數代軟弱之王帝後, 於 16 世紀時, 被鄰近之奧地利 Habsburg 王朝 Ferdinand I 統治, 此後差不多 400 年,淪為奧地利之附庸地. 期間, 也為布拉格注入新的文藝復興氣息, 新的文化藝術和科學.

於 16 世紀末, 歐洲傳統天主教徒和新教徒之矛盾加劇, Bohemia 之 Evangelical Union ( 浸信會新教徒 )為反抗統治階層之天主教派, 於1618 年 5 月 23 日首先發難, 衝入王宮, 把波希米亞王 Ferdinand II 之 兩位大臣及書記推出窗戶, 需然樓高 50 呎, 但三人僥幸跌在下面之糞便堆, 奇蹟地都能生還 ( 天主教視為神蹟, 說是天使拯救了他們 ) 此事件推翻了 Habsburg 王朝之Ferdinand II, 新教並擁護 Federick of Palatinate 為君主. 為歐洲  " 30 年戰爭 "  拉開了序幕. 之後新教徒再嘗失敗苦果, 於 1620 年 White Mountain 戰役被打敗後, 受到耶蘇會之天主教徒長時間迫害鎮壓, 

Thirty Years' War 戰事影響歐洲深遠, 後來積極參與戰事之國家有德國, 丹麥, 挪威, 瑞典, 法國, 西班牙等.

直至 19 世紀, 奧地利統治之影響, 開始放鬆, 布拉格才恢復生機, 不但逐漸加強本土文化, 採用捷克族語為法定語文, 發展公共交通, 興建 National Theatre, 博物館, Municipal House, 及不少著名獨特風格之建築物. 於 1918 年, 捷克正式獨立, 並以布拉格為首都. 二次大戰時, 德國入侵, 把布拉格變為保護之 Bohemia. 戰後 40 年, 捷克成為東歐共產鐵幕成員, 自由受到當時之蘇聯強烈壓制, 至 1968 年 8 月 於 Wenceslas 廣場, 卒爆發著名布拉格之春運動, 華沙公約軍開入鎮壓, 有超過 100 名示威者被殺害. 直至 1989 年 11 月 17 日開始 之 Velvet Revolution 紫色革命, 布拉格才擺脫蘇聯統治. 於 1993 年建立捷克共和國, 踏入新里程.